國內為數眾多的財團法人常被質疑變成「避稅工具」、「私人金庫」，財政部全面檢視相關租稅法令，發現現行所得稅法第42條太過寬鬆，這次稅改修法決定一併調整。

知情官員表示，財團法人常被汙名化，被認為是規避稅負工具，或以公益之名成為私人小金庫等，行政院日前已提出財團法人法草案，透過專法加強監督管理。

面對外界質疑，財政部也重新檢視相關稅法規定，發現現行所得稅法第42條規定，財團法人等機關、團體投資的股利收入不計入所得課稅；因財團法人不能分配盈餘，沒有重覆課稅問題，卻跟一般有分配盈餘的營利事業，享有相同規定，明顯過於寬鬆。官員指出，為消除重複課稅，在兩稅合一設算扣抵制度下，營利事業取自轉投資事業的投資收益，不計入所得課稅，無論轉投資層次的多寡，投資收益僅在營利事業階段課徵一次營利事業所得稅。